インボイス制度では、適格請求書発行事業者が値引きや返品等を行ったときには、原則として返還インボイス(適格返還請求書)を発行する必要があります。そのため、代金決済の際に差し引かれた振込手数料相当額を売り手が「売上値引き」として処理する場合に事務負担が増えるとの懸念がありました。
令和5年度税制改正において、税込金額1万円未満の値引き・返品・割戻しなどの売上に係る対価の返還等については、返還インボイスの発行が免除されることになりました。一方、振込手数料相当額を支払手数料として処理する場合は、返還インボイスの発行免除の対象外の取引となるため、金融機関や取引先が発行する支払手数料に係るインボイスの保存が必要になります。ただし、課税売上高1億円以下など一定規模以下の事業者の税込金額1万円未満の課税仕入れについて、帳簿のみの保存で仕入税額控除を認める特例の対象になる場合は、インボイスの保存がなくても仕入税額控除を適用することが可能です。